东方生工在江苏省科技厅、镇江市政府和镇江市科技局的支持下成立了专业的研究与服务机构——江苏省多功能生物发酵装备工程技术研究中心。
工程技术研究中心确立了“面向市场，加快技术创新，提高核心技术竞争力”的指导思想，建立了扁平化的组织结构，中心下设中试基地、发酵工艺研究室、电气设计室、软件设计室等部门，成立了一个专家委员会。组织机构建立的目的是建立与市场经济相适应的技术创新体系，形成公司重大科技决策咨询中心、科研人才培训中心和科技成果开发、推广、应用中心，为加快技术创新提供支持与保障。
工程中心投资6000万元建设了中试基地，建筑面积7000平方米，涵盖了从菌种保藏、发酵、提取以及产品包装的生物技术产业化全流程。
工程中心主要配备了以下技术装备：
菌种扩培区：按美国FDA标准设计，有4个无菌间、3个培养间、1个分析间、3个菌种保藏间；
QC区：按美国FDA标准设计，有3个无菌试验室（无菌室、微生物限度检测室、阳性对照室）和一个内毒素室，配有先进的理化分析设备，如紫外、液相、气相、红外、原子吸收等进口仪器；
完整的发酵试验室：配4台10L自动发酵罐、3套5L-30L二级自动罐、1套50L-500L二级全自动发酵罐；
中试全自动发酵车间：配有2台500L种子罐、2台3KL发酵罐、2台5KL发酵罐、2台20KL发酵罐以及配料、补料设备；
下游提取设备：包括高速离心、板框、溶煤、水解、沉淀、干燥等全套设备；
配套公用工程：配有溶煤回收、RO纯水、废水处理、氮气制取、压缩空气、蒸汽等；
过程自动化实验室：生物过程全自动化研究与开发，涵盖13个参数，包括CER、OUR等；
发酵搅拌系统实验室：包含搅拌系统设计、流体CFD模拟、搅拌器3D快速打印、搅拌器检测与验证系统、搅拌平衡检测系统等。
